The Phantom Agony fue lanzado en junio de 2003, con una gran influencia de música árabe, como "Seif al Din". Optaron por combinar la voz mezzo-soprano de Simone Simons y la voz gutural de Mark Jansen. En la canción "Run for a Fall" que fue escrita por Mark Jansen, describe sobre su salida de After Forever. "Façade of Reality" aborda los atentados de 11 de septiembre, incluyendo declaraciones de Tony Blair; de esta manera Epica demuestra que tiene una conciencia humanista y social entre los integrantes, sobre todo Mark Jansen, compositor de siete canciones del álbum.
Tracklist:01. Adyta ~ The Neverending Embrace - 1:26
02. Sensorium – 4:48
03. Cry for the Moon ~ The Embrace That Smothers - Part IV – 6:44
04. Feint – 4:19
05. Illusive Consensus – 5:00
06. Façade of Reality ~ The Embrace That Smothers - Part V – 8:12
07. Run for a Fall – 6:32
08. Seif al Din ~ The Embrace That Smothers - Part VI – 5:47
09. The Phantom Agony – 9:01
-Impasse of Thoughts
-Between Hope and Despair
-Nevermore
10.Triumph of Defeat (Instrumental)
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